Nach der Verordnung (EG) Nr. 1260/1999 vom 21. Juni 1999 über die allgemeinen Bestimmungen über die Strukturfonds und den Leitlinien für INTERREG III A ist vorgesehen, die grenzüberschreitende Zusammenarbeit und Programmdurchführung gemeinsamen Strukturen zwischen den Programmpartnern zu übertragen. Innerhalb dieser Strukturen werden die Programme ausgearbeitet, die lokale und regionale Ebene einbezogen, die Projekte ausgewählt, begleitet und geprüft.
Die Strukturen basieren auf folgenden beteiligten Stellen und Gremien: