Nach Prüfung auf Vollständigkeit, innere Konsistenz, Aussagekraft und formale Förderfähigkeit geht der Antrag zu den Unterstützenden Fachbehörden im Programmgebiet. Zu den Unterstützenden Fachbehörden zählen die jeweiligen fachlich zuständigen regionalen/nationalen Behörden.
Die Unterstützenden Fachbehörden prüfen und bewerten den Antrag nach den Anforderungen der Strukturfondsverordnung mit ihren Durchführungsverordnungen und den vom Begleitausschuss verabschiedeten Auswahlkriterien und geben eine Empfehlung ab.
Über die Förderung eines Projekts wird im Lenkungsausschuss entschieden.
Dies erfolgt auf der Grundlage der Empfehlungen der Unterstützenden Fachbehörden. Das Gemeinsame Technische Sekretariat bereitet die Beschlüsse für den Lenkungsausschuss vor.
Der Lenkungsausschuss entscheidet im Konsens. Er tagt in der Regel zweimal im Jahr. Bei Eilbedürftigkeit kann er seine Beschlüsse auch im Umlaufverfahren fassen.